Fra Ivana je u Splitu zatekao poziv za služenje vojnog roka u novonastaloj državi. O svom boravku u vojsci fra Ivan je ostavio pisano svjedočanstvo u svojoj autobiografiji pod naslovom ‘S Kristom i u smrt’.
Na blagdan Gospe od Zdravlja, 21. studenoga 1946., među prvim regrutima komunističke države Jugoslavije pozvan je u vojsku (JNA). Nakon jutarnje sv. Mise koju je služio u crkvi na Poljudu, djevojke iz zbora darovale su mu zlatni križić da ga čuva.
Fra Ivanovo prvo vojno odredište bila je Ilirska Bistrica u Sloveniji. U kasarni ga, kao i ostale, šišaju do nule, zaprašuju dezinfekcijskim praškom i daju vojnu odoru. U svoju kapu šajkaču čvrsto je zašio zlatni križić.
Prvi mjesec dana služenja vojnog roka prošao je u stilu komunističke vojne službe, s upečatljivom obukom i političkom nastavom, kojoj se posvećivalo više pozornosti nego li vojnim vježbama. Vojnici su često bili prozivani po imenu, a svećenike su k tome podrugljivo nazivali ‘pop’.
Uz početak Došašća fra Ivan u vojsci po prvi put osjeća muku da ne smije slaviti sv. misu. U svojem duhovnom promišljanju spoznaje da mu je Bog odredio da živi misu u vojarni među kolegama, jer Bog nema ograničenja.
Dan prije Badnjaka 1946. fra Ivana Perana su sa njegovim kolegama dovezli u Donji Logatec, odakle su bili raspoređivani po službama i vojarnama. Nakon prespavane noći tražio je od svoga komandira da ga sutradan pusti na božićnu misu. Obećao mu je, ali obećanje nije ispunio. Štoviše, sutradan ga je jedan drugi oficir ismijavao i nudio mu na čitanje Marxov Kapital.
Fra Ivan je bio revan vojnik koji se izražavao u duhu slobode savjesti, svojeg kršćanskog uvjerenja i svećeničkog poziva. Takvo ponašanje pojačalo je pozornost vojnih poglavara.
U vojsku je sa sobom ponio malo džepno izdanje dviju knjižica: Novi zavjet i Nasljeduj Krista.
Svoje križanje, molitvu i svoju vjeru nije nikome nametao. Držao se načela da će biti uzoran vojnik, sve vojničke dužnosti vršiti savjesno, a u slobodno vrijeme čitati svoje dvije knjižice. S početka nije imao problema oko toga. Doduše, ponekad su pojedine starješine znali upitati i razgovarati s njim o tome, a on bi im odgovarao da je vjera prema Ustavuslobodna te da se on toga drži. Jednom mu je to pitanje postavio i oficir bataljuna, a Peran mu je mirno odgovorio da čita Bibliju. Nakon toga je doznao da je više oficira prigovaralo njegovom komandiru kako to može dopustiti, a komandir bi odgovarao da je Peran uzoran vojnik, najtočniji u izvršavanju dužnosti, a to što čini u slobodnom vremenu je njegova privatna stvar.
Svoj vojni krug doživljavao je kao Jeruzalem u danima Isusova kalvarijskog puta.
Tijekom vojne vježbe u ožujku 1947., za vrijeme stanke, prišao mu je prijateljski naklonjen desetar, partijac, i rekao mu da svakog tjedna imaju sastanke na kojima se, između ostaloga, govori o njemu, o Ivanu. Upozorio ga je: „Ivo, sve ti se bilježi, i to gdje si što rekao, što si kazao, kako si kazao, kako to djeluje na ostalu vojsku, kako ti odobravaju, kako se pojedinci, pa čak i neki članovi Partije, ponekad krste u trpezariji za vrijeme objeda. Sad si u Armiji,budi pametan, drži to za sebe, a kad budeš civil govori što hoćeš“.
Prvi Uskrs (1947.) u vojsci fra Ivan Peran je dočekao u Gornjem Logatecu. Dan prije zatražio je od pretpostavljenog izlazak. Ustao se na vrijeme, nije doručkovao jer je trebao biti natašte radi planirane svete mise, spremio se i čekao kapetanov pregled. Sve je bilo po propisu. Kad je krenuo s kolegama koji su također dobili dopuštenje za izlazak, kapetan ga je pozvao da se vrati, te mu naredi da ni slučajno ne ide u crkvu. Peran mu odgovori: „Ja sam Vas samo zbog toga i molio za izlazak. Ako se bojite, vraćam se nazad“. Nakon kratke tišine, kapetan reče: „Idi, ali se pazi“! U sakristiji crkve u Gornjem Logatecu već ga je čekalo misno ruho koje je navukao preko vojne odore.
U svibnju 1947. uvježbavalo se za ratovanje po ruskoj vojnoj taktici, pa je kao uzoran vojnik i Peran bio izabran za te vježbe. Od njih osamdeset, na kraju ih je samo dvanaest položilo te vježbe, a iz Peranove čete čak četvorica. Svi sudionici bili su pohvaljeni i dobili su unaprjeđenje, ali Peran nije, radi čega su negodovali i njegove kolege.
Kad god je imao slobodan izlazak, odlazio je u obližnju crkvu na svibanjske pobožnosti. Jedan od kolega upozorio ga je da je izvjesni oficir naredio stražaru da motri kad će ‘pop’ izaći iz crkve i da puca u njega. Stražar se opravdao da nije mogao pucati jer je bilo puno svijeta, pa nije vidio na koja je vrata ‘pop’ izašao.
Početkom lipnja 1947., kada se nalazio u kasarni u Novom Mestu, komandir je pred cijelom četom održao govor o izdajnicima koji se ne slažu s državnim uređenjem, te je prozvao fra Ivana i njegova kolegu Josipa Šnajdera. Osjetivši da se sprema nešto loše, fra Ivan je istupio i obratio se glasno svim kolegama: „Drugovi, vi stariji me poznate, a vi koji ste nedavno došli, možda ne. Ja sam katolički svećenik. Moja je savjest mirna. Ako se više ne vidimo, zbogom!“ Odmah potom trojica vojnika s pištoljima sproveli su ih u barake, gdje im skinu petokrake s kapa i narede da krenu za njima. Dođoše u komandu bataljuna, blizu željezničkog kolodvora, gdje ga jedan od kapetana upita hoće li ga sada „njegov Bog spasiti iz njihovih ruku, o kojem si mnogo govorio na časovima političke nastave, a i križao se za vrijeme objeda“? Fra Ivan mu mirno uzvrati da hoće i da će svi jednom doći pred Boga pa će se vidjeti tko je u pravu. Sproveden je do Donjeg Logateca…
Koncem lipnja našao se na zatvorskom ispitivanju, koje je trajalo deset sati: od tri popodne do jednog sata poslije ponoći. Pored ostalog, morao je davati odgovore i svoje mišljenje za zlodjela koja su počinili partizani nad hrvatskim katolicima, o Stepincu, o fratrima na Širokom Brijegu.
U rujnu iz zatvora u Gornjem Logatecu biva premješten u zatvor u Ljubljanu, u tzv. Belgijsku kasarnu. Tu je fra Ivanu i njegovim kolegama prije suđenja bila uručena optužnica na 32 tipkane stranice, u kojoj je, između ostaloga, stajalo da su oni organizirana grupa koja je širila neprijateljsku propagandu protiv tadašnjeg sustava u Jugoslaviji: da će taj poredak uskoro propasti i da će, uz pomoć Engleza i Amerikanaca, na vlast doći kralj Petar; da JNA ima loše naoružanje, a Englezi i Amerikanci atomsku bombu; da će se uspostaviti stara vlast; da u Jugoslaviji vlada glad, nered i nezadovoljstvo novim sustavom vlasti. U optužnici je stajalo i da potiču dezerterstvo, te da u Gornjem Logatecu stupaju u svezu s civilima koji su neprijateljski orijentirani prema Jugoslaviji. U tekstu optužnice naglašava se da je Peran Srećko intelektualni vođa koji govori da je Stepinac osuđen bez dokaza, da se komunisti bore protiv Crkve, da svaka vlast koja se borila ili se bori protiv Crkve propada, a rečeni Peran Srećko u svom neprijateljskom djelovanju i govoru zaklanja se iza ‘verske’ dogme. U optužnici se još navodi da civili sakupljaju oružje – puške, talijanske bombe, municiju i tako redom – i zaključno se obrazlaže da su svi navedeni članovi zločinačke grupe, „a Peran Ivan intelektualni vođa, pa se za njega traži najstroža kazna koja postoji u našem zakonu“…
Suđenje je trajalo četiri dana, od petka 19. do utorka 23. rujna 1947. Dovedeni su lažni svjedoci, dokazi su bili lažni, čak je i državni tužitelj sam sebi proturječio.
Za vrijeme dok je bio u zatvoru, roditelji su pokušavali saznati što je s njihovim sinom, jer su im se pisma upućena sinu vraćala, a od njega nisu dobivali uobičajenih pisama. Stoga otac odlazi u Sloveniju u potragu za sinom, od kasarne do kasarne. Kad je konačno došao do zatvora u kojem je fra Ivan bio zatvoren, priopćeno mu je da je njegov sin osuđen na smrt.
Nakon prvotnog šoka, otac poduzima sve da se smrtna kazna ne izvrši, šaljući molbe za pomilovanje na najviše instance. U Sloveniju dolazi i majka Dome, koja je bila spremna radije prihvatiti sinovu smrt strijeljanjem, nego da se on odrekne habita i svećeništva, što mu je nuđeno kao spas.
Fra Ivan nije prihvatio optužnicu i žalio se na Vrhovni sud u Beogradu, te je trebalo čekati konačnu odluku. Gotovo 40 dana nakon presude stiže preinaka smrtne osude: Peran Ivan, na pet godina strogog zatvora i 3 godine gubitka građanskih prava.
Nakon preinačene kazne odveden je u Maribor, gdje je ponovno bio ispitivan. Odatle je nakon par dana u prebačen u Ljubljanu, u Miklošičevu ulicu br. 9.
Zatvoren je u prostoriju s nekoliko slovenskih svećenika i dva studenta bogoslovije. U zatvoru su prepisivali matice za civilnu vlast. Nedjeljom su mogli slaviti sv. misu. Čak su dobivali duhovne i teološke knjige. Knjige su im bile znak po kojem su znali kakvi su odnosi Crkve i države. Ako su bili povoljni, dobivali su vjerske knjige i novine, a ako su bili zategnuti, onda bi im sve bilo oduzeto. Peran je slobodno vrijeme u zatvoru koristio za učenje ruskog, njemačkog i engleskog jezika, a okružen Slovencima ubrzo je progovorio i slovenski.
Na Božić1947., u ljubljanskom su zatvoru napravili jaslice od pristiglih čestitki i dobili dopuštenje da će moći misiti, no umjesto sv. mise obavljen je pretres zbog sumnje da radio vezom šalju obavijesti Vatikanu.
U rujnu 1949. prebačen je na robijanje u Resnik kod Zagreba gdje je radio na izgradnji autoputa Zagreb – Beograd, a onda na prisilni rad u Novi Beograd.
Robijaši su radili razne građevinarske poslove, a fra Ivana su zapali poslovi armiranja. Predvodio je grupu od dvanaest do četrnaest radnika-robijaša, koju su po fra Ivanu prozvali ‘popovska grupa’.
Nakon Novog Beograda, robijanje je proveo u Ilovi kod Kutine, pa u Mariboru, te u Ljubljani, na radilištu Žale.
„Osjetio sam u zatvoru što je to žeđ, kad nam sred geta po 48 sati ne bi davali vode, a čuli smo kako slavina svom snagom pjeva!“
Iz godine 1951., njegovo duhovno raspoloženje u zatvoru:
„Početak svibnja: blagdan Našašća sv. Križa. Kako li raznovrstan Tvoj Križ, Gospodine! Kao da mi je ovoga trenutka svanulo, zapjevao sam: Vexilla Regis… Sjetim se Apostola: veselim se u trpljenju za vas, za vas, koji bilo gdje na svijetu gurate kolica kao i ja ovoga časa. Ova kolica su moj križ… U jutarnjoj magli sam se obazirao za Suncem … Evo ga. Zlatno Sunce! Na križu si uskliknuo: ‘Žeđam!’ Nalio sam čašu s vodom… O, sestrice vodo, kako li me osvježi! – Draga sestrice sjeno, kako li ublažuješ! Ti, koji pripuštaš križ, daješ i olakšanje! … Sve je vaše, čujem Apostola, sve je za vas! Kako li je divno stanje milosti! To je raj u kojem se može trpjeti, goreći od ljubavi. O slatke li ljubavi, ludosti Križa! Tom ludošću su opijeni i sretni mladići u zažarenoj peći; sretan je Pavao, sretan je pjesnik Brata Sunca; tom ludošću sretan i opijen grabim olovku i pišem o ludosti, o ljubavi, o smijehu i veselju, pjevam o trpljenju i znoju, o drvu i opeki – divim se preziranju i ruganju. Milost me baca kao lahor širokog krilatog leptira i kamo god padnem, nađem se na cvijetu! Živim li u utvari? – O, ne! Već sad znadem da će se spustiti noć, možda i prije nego završim ovo pisati! Ako se i spusti noć, završit ću riječima kojima bih završio i u podnevnom suncu: sve je stvoreno za njega i po njemu! Učvrsti, Bože, ovo što si Ti stvorio u nama!“
„Bog uvijek ostaje Ljubav i Gospodar svega. (…) Stoga dopušta da i nevini dijele sudbinu braće koja trpe, kako bi bili poziv na obraćenje. Kroz njih i po njima sâm Krist silazi u zatvor da svjedoči vječne vrednote: Boga, što prebiva u nedostupnu svjetlu, a koji se udomio među nama da nam uvijek i posvuda bude Put, Istina i Život – sada i u sretnoj vječnosti“
„Otkad je Raspeti
na ljudskom sudištu
parnicu izgubio,
ljudskog se suda,
ma koji on bio,
duša moja
više ne boji.“
4. lipnja 1952., dan je odlaska fra Ivana Perana iz zatvora. Tlačitelji su ga pitali kamo će, a on im je odgovorio da će ponovno u samostan. Na to su mu rekli da će onda opet u zatvor. Fra Ivo im je odvratio da će, ako treba, odmah i ostati u zatvoru. Netom je pušten na slobodu, otišao je u obližnji samostan Marijina Oznanjenja (Ljubljana, Tromostovje), kod franjevaca, gdje su ga slovenski franjevci očekivali jer su znali da izlazi iz zatvora: „Znali su za mene, očekivali su me. Pripovijedaju kako je majka ovamo redovito dolazila, plakala, molila… Bila je, vele, kao starica Ana koja nije odlazila od hrama“. Majčinu ljubav iz zatvorskih dana fra Ivan je isticao s posebnim osjećajima: „Svaki put se sjetim svojih roditelja, a nadasve ljubavi majke svoje, koju nije mogla ugasiti ni kiša, ni zima, ni odbijanje kad sam bio u bunkeru. Sjećam se svoje majke, kad god uđem u crkvu Marijina oznanjenja… Koliko ta crkva čuva molitava i uzdaha moje dobre majke!“
U samostanu na Tromostovju služio je sv. misu, objedovao, te otišao na vlak za Zagreb, a onda za Split, pravac Kaštel Stari. U Kaštel Starom dočekao ga je otac, a u kući majka, sestre i habit. Svi skupa otišli su u crkvu sv. Ivana Krstitelja gdje je na oltaru sv. Felicija, uz otvorenu raku sveca, služio misu zahvalnicu. Crkva se puni, na kraju mise puna – selom se pronio glas da je došao onaj koji je bio osuđen na smrt! Čestitke, veselje, cijeli dan kao hodočašće, tako i sutra. Postaje opasno, jer špijuni motre fra Ivanove korake. Dok se zanos ne stiša povuče se u Split, u samostan na Poljudu, potom u Dubrovnik, gdje je preuzeo dužnost orguljaša.
„Kad se stanje koliko toliko sredilo prihvatio sam i ženski zbor u Kaštel Sućurcu, pa i Kaštel Štafiliću. To bi obilazio na biciklu. Jednog jutra, potraži me jedan mladić iz Kaštel Sućurca. Ima mi nešto priopćiti: stroga tajna! Doznao je da se grupa sprema napasti me kad biciklom idem u Kaštela vježbati zborove.“
U Dubrovniku je dobio poziv na dosluženje JNAu trajanju od dvije godine, budući je njegovo služenje bilo prekinuto zbog robije.
U travnju 1954. našao se u vojarni u Zemunu. Kad ga već komunisti nisu uspjeli slomiti osudom smrt i robijanjem, sada su isprobali druge metode. Dobio je zaduženje: nadgledništvo praonice rublja. Pretpostavljeni su obrazložili da se u praonici krade roba i smatraju da će on biti dostojna zamjena kolegi koji odlazi na dopust. Međutim, pozadina toga je bila da je tamo radilo desetak žena labilnih moralnih načela, te su bili sigurni da će ga koja od njih zavesti. Fra Ivan se preporuči Bezgrješnoj, stavi se u ruke Božje, prihvati ‘vešeraj’ i započe s radom i obraćanjem. Smanjio im je normu rada, pristojno se ophodio prema njima, opominjao ih za vulgarno izražavanje, pomagao duhovno i materijalno, s odlučnošću odbijao napastovanje, a kad su doznale da je pop postale su pristojnije i sramile se dotadašnjeg svoga ponašanja.
20. srpnja 1955. bio je pušten u civilni život.U međuvremenu ga je uprava Provincije imenovala za magistranovaka na Košljunu.
Svjedočanstvo fra Mavra Velnića,fra Ivanova najbližeg školskog druga od školovanja na Badiji, do kasnih zajedničkih godina na Košljunu: «Ni smrtna presuda ni petogodišnje tamnovanje nije ga slomilo ni pokolebalo u svom zvanju. Naprotiv, Ivo je očeličio u svakom pogledu i moje je uvjerenje: Ivo se istinski, dubinski produhovio. Doista, Ivo nije ušao u zatvor kao Savao u Damask, ali Ivo se vratio iz zatvora kao istinski Pavao, pun žara za stvar Božju i ideale asiškog Poverella», postao je «zrno pšenično u komunističkom ‘žrvnju’ za Kristovu pogaču»
